企業(yè)取得的政府補助，會計處理時采用直接沖減研發(fā)費用方法且稅務(wù)處理時未將其確認為應(yīng)稅收入的，應(yīng)按沖減后的余額計算加計扣除金額。
　　近期，財政部修訂了《企業(yè)會計準則第16號——政府補助》。與原準則相比，修訂后的準則在總額法的基礎(chǔ)上，新增了凈額法，將政府補助作為相關(guān)成本費用扣減。按照企業(yè)所得稅法的規(guī)定，企業(yè)取得的政府補助應(yīng)確認為收入，計入收入總額。凈額法產(chǎn)生了稅會差異。企業(yè)在稅收上將政府補助確認為應(yīng)稅收入，同時增加研發(fā)費用，加計扣除應(yīng)以稅前扣除的研發(fā)費用為基數(shù)。但企業(yè)未進行相應(yīng)調(diào)整的，稅前扣除的研發(fā)費用與會計的扣除金額相同，應(yīng)以會計上沖減后的余額計算加計扣除金額。比如，某企業(yè)當年發(fā)生研發(fā)支出200萬元，取得政府補助50萬元，當年會計上的研發(fā)費用為150萬元，未進行相應(yīng)的納稅調(diào)整，則稅前加計扣除金額為150×50%=75萬元。

　　企業(yè)按照財稅〔2015〕119號文件和97號公告要求設(shè)置研發(fā)支出輔助賬時，應(yīng)參照97號公告所附樣式編制。企業(yè)也可以根據(jù)自己的實際情況建立輔助賬，但應(yīng)涵蓋97號公告所附樣式內(nèi)容。也就是說輔助賬樣式可以在總局發(fā)布的輔助賬框架內(nèi)增加有關(guān)項目，但不得減少和合并有關(guān)項目。

　　研發(fā)支出輔助賬包括4種形式的研發(fā)支出輔助賬、研發(fā)支出輔助賬匯總表以及研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費用情況歸集表。4種形式的研發(fā)支出輔助賬分別是：1.自主研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；2.委托研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；3.合作研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬；4.集中研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬。
　　企業(yè)應(yīng)根據(jù)研發(fā)項目的形式，在立項后按照項目分別設(shè)置輔助賬。從憑證級別記錄各個項目的研發(fā)支出，并將每筆研發(fā)支出按照財稅〔2015〕119號文件列明的可加計扣除的六大類研發(fā)費用類別進行歸類。
　　企業(yè)應(yīng)在年度終了之后，根據(jù)所有項目輔助賬貸方發(fā)生余額匯總填制《研發(fā)支出輔助賬匯總表》，并作為年度財務(wù)報告附注，隨年度財務(wù)報告一并報送主管稅務(wù)機關(guān)。
　　企業(yè)還需注意的是，《研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費用情況歸集表》用于填報計算本年度享受研發(fā)費用加計扣除優(yōu)惠政策的金額，包括本年度研發(fā)支出費用化加計扣除的部分，以及本年度及以前年度研發(fā)費用資本化在本年度加計攤銷的部分，最后作為附列資料隨企業(yè)年度納稅申報表一并報送主管稅務(wù)機關(guān)。

　　企業(yè)開展研發(fā)活動中實際發(fā)生的研發(fā)費用形成無形資產(chǎn)的，其稅收上資本化的時點應(yīng)與會計處理保持一致?！镀髽I(yè)會計準則第6號-無形資產(chǎn)》第7條規(guī)定，企業(yè)內(nèi)部研究開發(fā)項目的支出，應(yīng)當區(qū)分研究階段支出與開發(fā)階段支出。
　　1.研究階段支出
　　研究階段，是指為獲取新的科學(xué)或技術(shù)知識并理解它們而進行的獨創(chuàng)性的有計劃調(diào)查，主要是指為獲取相關(guān)知識而進行的活動。
　　考慮到研究階段的探索性及其成果的不確定性，企業(yè)無法證明其能夠帶來未來經(jīng)濟利益的無形資產(chǎn)的存在，因此，對于企業(yè)內(nèi)部研究開發(fā)項目，研究階段的有關(guān)支出，應(yīng)當在發(fā)生時全部費用化，計入當期損益（管理費用）。
　　2.開發(fā)階段支出
　　開發(fā)階段，是指在進行商業(yè)性生產(chǎn)或使用前，將研究成果或其他知識應(yīng)用于某項計劃或設(shè)計，以生產(chǎn)出新的或具有實質(zhì)性改進的材料、裝置、產(chǎn)品等，包括生產(chǎn)前或使用前的原型和模型的設(shè)計、建造和測試、小試、中試和試生產(chǎn)設(shè)施等。
　　考慮到進入開發(fā)階段的研發(fā)項目往往形成成果的可能性較大，因此，如果企業(yè)能夠證明開發(fā)支出符合無形資產(chǎn)的定義及相關(guān)確認條件，則可將其確認為無形資產(chǎn)。具體來講，對于企業(yè)內(nèi)部研究開發(fā)項目，開發(fā)階段的支出同時滿足了下列條件的才能資本化，確認為無形資產(chǎn)，否則應(yīng)當計入當期損益（管理費用）。
　　（1）完成該無形資產(chǎn)以使其能夠使用或出售在技術(shù)上具有可行性。
　?。?）具有完成該無形資產(chǎn)并使用或出售的意圖。
　?。?）無形資產(chǎn)產(chǎn)生經(jīng)濟利益的方式，包括能夠證明運用該無形資產(chǎn)生產(chǎn)的產(chǎn)品存在市場或無形資產(chǎn)自身存在市場，無形資產(chǎn)將在內(nèi)部使用的，應(yīng)當證明其有用性。
　　（4）有足夠的技術(shù)、財務(wù)資源和其他資源支持，以完成該無形資產(chǎn)的開發(fā)，并有能力使用或出售該無形資產(chǎn)。
　?。?）歸屬于該無形資產(chǎn)開發(fā)階段的支出能夠可靠地計量。
　　3.無法區(qū)分研究階段和開發(fā)階段的支出
　　無法區(qū)分研究階段和開發(fā)階段的支出，應(yīng)當在發(fā)生時費用化，計入當期損益（管理費用）。

　　有的企業(yè)特別是中小企業(yè)，從事研發(fā)活動的人員同時也會承擔生產(chǎn)經(jīng)營管理等職能，用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備、無形資產(chǎn)同時也會用于非研發(fā)活動，財稅〔2015〕119號文件對允許加計扣除的研發(fā)費用不再強調(diào)“專門用于”。為有效劃分這類情形，企業(yè)應(yīng)對此類人員活動情況及儀器、設(shè)備、無形資產(chǎn)的使用情況做必要記錄，并將其實際發(fā)生的相關(guān)費用按實際工時占比等合理方法在研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用間分配，未分配的不得加計扣除。

　　根據(jù)財稅〔2015〕119號文件規(guī)定，研發(fā)費用加計扣除政策適用于會計核算健全、實行查賬征收并能夠準確歸集研發(fā)費用的居民企業(yè)。按核定征收方式繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)不能享受此項優(yōu)惠政策。

　　研發(fā)費用的核算需要做大量的準備工作，如研發(fā)費用加計扣除政策要求的留存?zhèn)洳橘Y料，涉及公司決議、研發(fā)合同、會計賬簿、相關(guān)科技成果資料等等，因此需要企業(yè)研發(fā)、財務(wù)等各職能部門密切配合。如果各部門不能有效配合，導(dǎo)致相關(guān)資料、會計憑證不全，記賬不完整，會影響到研發(fā)費用的核算以及優(yōu)惠政策的享受。

　　財稅〔2015〕119號文件規(guī)定，企業(yè)共同合作開發(fā)的項目，由合作各方就自身實際承擔的研發(fā)費用分別計算加計扣除。企業(yè)共同合作研發(fā)的項目，由合作各方按照《企業(yè)（合作）研究開發(fā)項目計劃書》和經(jīng)登記的《技術(shù)開發(fā)（合作）合同》分項目設(shè)置《合作研發(fā)“研發(fā)支出”輔助賬》，就自身實際承擔的研發(fā)費用按照會計核算要求分項目核算，并按照研發(fā)費用歸集范圍分別計算加計扣除。